1、国际认证机构：有机棉进入国际市场是需要认证的，国内外从事有机棉标准指定和认证的组织机构很多，国际有机农业运动联合会(1FOAM，International Federation Of Organic Agriculture Movement)是主要的国际认证机构之一，制定了比较有影响的“有机纺织品标准”。另外比较著名的国际认证机构还有美国的有机贸易协会(OTA，Organic Trade Association)、英国的土壤协会(Soil Association)、德国的国际天然纺织工业协会(IVN.International Association Natural Industry)、欧洲的国际组织Demeter、瑞典和北欧的KRAV和日本的日本有机棉协会(JOCA，Japan Organic Cotton Association)。瑞士的生态市场协会(IMO，Institute for Marketecology)和荷兰Skal是知名国际认证机构，IMO可以代表OTA、INV、Demeter等进行认证，IMO也是沃尔玛有机棉项目在土耳其、印度、中国、巴基斯坦和非洲国家的认证机构。

2、国内认证机构：中绿华夏有机食品认证中心和南京国环有机产品认证中心是国内认证机构。